Presentacions a classe

1. Sessió Suffix-trees

1. Fonaments de Genètica Molecular

El primer capítol del llibre [SM97] conté una bona introducció, que es pot completar amb [AP99] i [BO98]. També podeu accedir a les adreces WEB:

1. http://www.accessexcellence.org/AB/GG/
2. http://www.nhgri.nih.gov/DIR/VIP/Learning_Tools/

2. Alineament de dues seqüències

Tots els llibre tractan aquest tema. Una explicació detallada pas a pas de l'algorisme de Needleman-Wunsh es pot trobar a http://www.ibc.wustl.edu/CMB/bio5495/dynamic/dynamic.html

Sessió 1 de laboratori:

Connecteu-vos a "http://www.lsi.upc.es/~alggen":

1. Amb el programa DOTLET (opcio DOWNLOADED TOOLS)estudieu les seguents sequencies:

   >transposo1 AATAGTATTGAGACCAAAAAAATTGATTAATTTAGAGAGATATTAATTTATCGATAAACTAATAAAATTGTACAAATTTGTAAATTCTTACCAAAATTCTATAAAAAGTGTAGTTTTTTCTTTATAATCAATAGTAATTACAAGTAAAAAGCAATTATTAAATTTAAAAAACAATACAATTTTTTTTTATGTTGTAAAATACTAGAATTGAACACTATAAAAAATTAATAAAAATTGAAGAAAACAATTAGTACAGCCATATTTTACATATGATATTTATAATATATATTAGTAAATTTATAAAATTATTAATTTATACTATTGATGGGAGCATATATTTATATAAGATTTTCAATAAAAATATTATCTTATTAGTTTATCGATTTATATCAATTTTTATATTGGTCTCAACTCTGCACCAAAAAAAATTATTAATTTATAAAAATTATTAATTTATCGAATATT

   >transposo2 AATAATATTTGGACCAATAAAATTTATTAATTTAGAGAGGTATTAATTTATCGATAAATAAATAAAATTGTACAAATTTTGTAAATTCTTACAAAAATTCGATATAAAATATAGTTTTTTTCCCTATAATCAATAGTATTTCTAAAACCAATTACAAGTAGAAAGCAATTATTAAGTTTGAAAAACAATACAATTTTTTCGATATTGTAAAATATTAGAATTGAACACTACAAAGAATTAACAAAAATTGAAGAAAAACATTACTAGACTCATATTTTACATATGATATTTATAATATATATTGATAAATTTATATAATTATTAATTTATACTATTGATGGACCATATAATTATATAAGATTTTCAAAAATATTATTATCTTATTAATTTATCGATTTTTATCAATTTTTACATTGGTCCCAACTTGCTCAGAATCTGTGCTCATTCTTATGCATTCTAAAGAACTTGCTCAGACTCTCTGCTCATTACAGCAAAACTTCTATAAATTAATACTTGAAAAATTTATTAATTTTTCAAGTATT

   >transposo3 AATACTCGATAAATTAATAATCTCTATAAATTAATAAATTCTTCCGGTTCCGAGTTGGGACCAGTGTAAAAAGTAACACAAATCGATAAATTAATAAGATAATAATTTTTTTTAAAGTCTTATGTAAATATATGGTCCCATCAATATTATAAATTAATAATTGCATAAATATATCAATTATATATATACATTATATGTAAGAAATTTCTTTGAAACATATTTCTAATATTGTTTTGCTTAAATTTGTATTTATTCTTATTTGAAATTTAATTCTAATATGTTACTGTATCAAAAACTTTTACTGTTGTTTTCTATACATGATATTATTTTTAACTTGTAATTGATTCTACAAAGATATTTTCTAGAAAAAAGAATCTTATAGAAATGTTTTAAAAGTTACTAAATTAGGAAAGTCTCTCTATAAAATTTATTAATTTATCGATAAATTAAAACCTCTCTAAATTAATAAAATTTTACAATCCCAACATTATT

2. Per entendre l'algorisme de programació dinàmica aneu TEACHING, EMBER i executeu LEPA que es un "Comparador global, semiglobal i local de dues seqüències de ADN" fet per Raimundo Benítez i Jose Ramón Moya."
   1. Alinieu globalment les seqüències: acggtac amb aggac (podeu conjecturar el resultat?)
   2. Alinieu globalment les seqüències: gtacccg amb acggtac (podeu conjecturar el resultat?) L'aliniament global no és l'opció més indicada. Proveu el semiglobal.
   3. I si proveu el semiglobal canviant l'ordre de les seqüències?
   4. Canvieu al programa "Comparador global i semiglobal de dues seqüències de ADN" de Miguel A. Martínez i estudieu quina és la millor forma d'linear les seqüències :

      atcatgaa ctcgaggcgg tcccggggca ggaaagagc tggcaagcac gtggtggggc ccctgaggtg tgcagagggt cgcgcaccta gaagcctgtc gctggcacgg tctgggcggg aggttctgcg gcgggaggca gcctgttggt tgcagggctg aaaaagcagt tctacaaggc aagccagctg gtcagtgaga aggtcggagg gtctgagggg accaagctgg acaatgactt caaagagatg gagatgtcat cagcaaggcg gtgacggaaa ttctggcaag gaccatcaag tacctgacag cccaacccag cctcacaggc taagctgacc atgctcaaca cagtgtgcaa gatccagggc caggtgaaga accccggcta cccgcagttg gaggggctcc tgaacgagtg cctgatccgc caccagaaag agctgggcaa cgagtccaac ttcagtgatg cactgctgga tgccggcgag tccatgaagc acctggcaga ggtg

      gcgcga cgagtccaac ttcagcgatg cactgctgga tgccggcgag cccatgaagc acctggcaga ggtgaaggac tccctggaca tagaggtcaa gcataacttc attgaccccc tccagaacct atgtgagaaa gacctgaagg agatccagca ccacctgcag aagctggagg accgccgcct ggactttgac taaaagaagc ggcagggcaa gatccccgaa gaggagctgc acaaggcgct ggagaagttt gaggagtcca aggaggtggc agaaaccagc atgcacaacc tcctggagac cgacat

   5. I si intentessiu alinear cadascuna de les anteriors amb la següent

      tgtgtaatct ttaaagcata ttgaaaaatt actattctca agtaaggata atgtatatct caggtcactt acagtctcaa agttttgtca gtatacttta aaacaatcct gcgaacagat ctagattgaa ggagactaaa gaatcatgaa ctcgaggtgg ccccggggca ggcgcagagc tggcaagcac gtggtggggc ccctgaggcg tgcagagggt cacgcacctg ggagcctgtt gctggcacgg tccgggcggg aggttctgcg gcgggaggca gcctgtcggt tgcagggctg aaaaagcagt tctacaaggc aagccagctg gtcagtgaga aggtcggagg gactgagggg accaagctgg acgatgactt caaagagatg gagatgtcat cagcaaggcg gtgacggaaa tgctggcaag gaccatcaag tacctgagag cccaacccag cctcacaggc taagctgacc atgctcaaca cagtgtgaaa gatccagggc caggtgaaga accccggcta cccgcagtcg gag

3. Aliniament múltiple

Sessió 2 de laboratori:

1. Creeu un fitxer en format FASTA amb les tres seqüències del problema anterior i executeu MALIG
2. I ara un cas real, amb quatre sequencies

   GACTACAGTTAAACCTCTATAAATTAATATTCGATAAATTAATAAATTCTTTCAGTCCCGAGTTGG GACCAATGTAAAAATTGATACAAATCGATAAATTAATAAGATAATAACTTTTTTGAAAATTTTATA TAAACGTATGGTCTCTTTAATATCATAAATTAATAATTGTATAAATACATCAACTATATATATAAA TATATATTATATGTAATAAACTTCAATGATATAGAATTCATTGGTTTTTTTTTCTTCTTAAATTTG TATTAGTTCTTGTTTGAATTTAGCTCTATTATTCTTACTATATCAAAAAAATTTGGTATTGTTTTT AGACATAATTATTATTTTTACTTATAATTTGTTCTAAAAGTATATTTTATATAATGAAAGAAATAT AATATTTTCATATAAAAATAAAAAATTAGAAAATTAAGAAAATCTCTCTATCGATAAATTGAAACC TCTATAAATTAATAAAATTTTGCGGTCCCAAAGTTATTAATTTATAGAGGTTTACTATATT

   AGCTACAGTAGAAACTCTATAAATTAATACTCGATAAATTAATAAACACGATAAATTAATAAATTTT ACCGGTCCCAAGTCGGGCCAATGTAAAAAGTAACCAAAATCGATAAGATAATAAGATAATATTTTTT TTGAAATCCCTATATAAAATTATAGTCCCAATAATATTATAAATTAATAATCATAGATCTTAAGTAT ATATTTTAAGACTAATTAATTTTTATATGAAATTTTTGTTCAAAGTACAATTACAACTCTTTTTAAA ATATAACTGGTATGATCTCTGTTGTACTCACATAACTATTTGCGTATTTGATCTGTCATAGTTGATT TTGTAAAATCTTTTATTTGAAAAAGCATTGCTAAGATTTGTGTAAATAAAAATTGGATTAAACTTCA TGTTTACGTTTACGTTCACGTTAATGTCGTGGATATACAAACACAATATATTTTGAAAAATAAATTT AAAAAGTCAAAGAAAAATAAAAAACTAACATAATTATATATACAAACAACAAAGCATATAGAAAATT AATTAAAAACATTTTAAAAAGAATATAGTATTGTATTTTACATAAATATTTTTATAAATTAATATTT ATTAACTTATACGATAAATTAATAAATATTAATTTATAGGATAAATTAATATCACTATAAATTAATA AAATTTCATGGTCCCAACATTATTAATTTATAGAGTTTCTACTGTATAT

   AGGTACAGTAGAAACTCTATAAATTAATAATGTTGGGACCATGAGATTTTATTAATTTATACTGATA TTAATTTATTCTATAAATTAATAAATATTAATTTATAGGTTAAAAAATAAATATTAATTTATAGAAA TATTTACGTAAAATACAATACTAAATTCTTTTAAAAATGTTTTTTAATTTAGTTTTTCTTATGTTTT GTTGTTTTTATATTCAATTATGTTAAAAAAAATATTTTTCTCTTGACTTTTTAATTTATTTTCCTAC AAAATATTGTGTCCGTTTTATTTACGACGTTAACACGAGGGTTAATCCAATTTTTCTTTGTACAAAT CTTAACAATGATTAAAAAATGTTACAAAACCAAATATGACAGATAAATACGCAAACAGTTATGTGAG TACAAAAAAGATCATACCAACTGTACTCTAGAAAGAGTTGTAATTGTGGTTTGAATAAAATAATCAT ATAAAATTAGTGTTAGAATATATGCTTAAGATTTATGATTATTAATTTATGATATTATTGGGACCAT ATTTTTACATAGGGATTTCAAAAAAAATATTATCTTATTATCTTATCGATTTTGGTTAATTTTTACA TTGACCTGACCTTGGGACCAGCAAAATTTATTAATTTATCGTGTTTATTAATTTATCGAATATTAAT TTATAGAGTTTCTACTGTAGTA

   TTATACAGTATAACCTCTATAAATTAATACTCTATAAATTAATAACTTCTATAAATTAATAAATTTTTC CGGTCTTAAGTTGGAACCAGTGTAAAAAGTGACACAAACGATAAATTAATATGATAATAATTGTTTTGA AAGTTTTATGTAAATATATGGTCCCATCAATATCGTAAATTAATAATTGTATAAATGTATCAACTACAT ATATATTATATGTAAAACATAAAACATTTCCTTATAATATATTTTTAATATTTTTTTGCTTAAATTCAT ATTTGTTCTTTGTTTGAATATAATTATCATAGTTTACTGTATCAAAACTGTTGGTGTTGTTTGTAGACA TTATTATTATATTTTCAATAATGAAAGAAATTTTATAGAAATTTTTAAAAAGTTACCAAAATTTTGAAA ATCTTTTTATAAATTAATAAATATTAATTTATCGATAAATTAATACCTTTCTAAATTAATAAAATTTTG TAGTCCCAATATTATTAATTTATAGAGATTTTACTGTATAT

3. El programa mes utilitzat per fer aliniaments múltiples és CLUSTAL (http://www.ebi.ac.uk). Repetiu els aliniaments i compareu amb MALIG.




4. Cerca en Bases de dades

Tots els llibre tractan aquest tema.

Sessió 3 de laboratori:

Connecteu-vos a http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankSearch.html i esbrineu amb el programa BLAST que són les següents seqüències:

1. AACAATGTTGGGACTGTAAAAATTTATTAATTTAGAAAGATATTAATTTATCGATAAATTAATAATTATTA ATTTATAGAAAGATTTTATAAATTTTGTAATTTTCTTACAAAAATTCGATATAAAAATTAGTTTTTTCTTT ATAATCAATAATTTTTCTAAAACTAATTACAAGCAAAAAACAATTCTTAAGTTTAAAAAATAATACAAACT TTTTCGACGTAATAATAAGATTGGAATTAAACTCTACATATAATTAATAGAAATTGAAGAAAAATAATACT AGAATCATATTTCAATAAATATTTTACATATAATATTGATATATATATGTGTATATATTATAATATTGATG TGACCATATATTTATATAGGATTTTCAAAAAAGTTATTATCTTATTAATTTATCGATATGTATCAATTTTT ATACTGGTCCCAACTCGGGAATGAAAGAATTTATTAAATTATAGAGATTATTATTCTATAGAGTATT
2. GCGGCCGCGGCGCGTGCGTCTGTGCCTCTGCGCGGGTCTCCTGGTCCTTCTGCCATCATGCCGATGTTCA TCGTAAACACCAACGTGCCCCGCGCCTCCGTGCCGGACGGGTTCCTCTCCGAGCTCACCCAGCAGCTGGC GCAGGCCACCGGCAAGCCCCCCCAGTACATCGCGGTGCACGTGGTCCCGGACCAGCTCATGGCCTTCGGC GGCTCCAGCGAGCCGTGCGCGCTCTGCAGCCTGCACAGCATCGGCAAGATCGGCGGCGCGCAGAACCGCT CCTACAGCAAGCTGCTGTGCGGCCTGCTGGCCGAGCGCCTGCGCATCAGCCCGGACAGGGTCTACATCAA CTATTACGACATGAACGCGGCCAATGTGGGCTGGAACAACTCCACCTTCGCCTAAGAGCCGCAGGGACCC ACGCTGTCTGCGCTGGCTCCACCCGGGAACCCGCCGCACGCTGTGTTCTAGGCCCGCCC
3. ctgctttctt cttgaccatt agtggatagg aaaaaaatgc tctgattttc tgtaaccatt
   tgtcaccaaa gccataaaga cattgaacta atttccttat tggagttcat tattggaagt
   cttgaggggt ttacacattt atctacaaag taagtaagcc agctcatttg tcttgactca
   tgtgtaatct ttaaagcata ttgaaaaatt actattctca agtaaggata atgtatatct
   caggtcactt acagtctcaa agttttgtca gtatacttta aaacaatcct gcgaacagat
   ctagattgaa ggagactaaa gaatcatgaa ctcgagg-gg -cccggggca ggc--agagc
   tggcaagcac gtggtggggc ccctgagg-g tgcagagggt c-cgcacct- g-agcctgt-
   gctggcacgg tc-gggcggg aggttctgcg gcgggaggca gcctgt-ggt tgcagggctg
   aaaaagcagt tctacaaggc aagccagctg gtcagtgaga aggtcggagg g-ctgagggg
   accaagctgg ac-atgactt caaagagatg gagatgtcat cagcaaggcg gtgacggaaa
   t-ctggcaag gaccatcaag tacctga-ag cccaacccag cctcacaggc taagctgacc
   atgctcaaca cagtgtg-aa gatccagggc caggtgaaga accccggcta cccgcagt-g
   gaggggctcc tgaacgagtg cctgatccgc caccagaaag agctg-gc-a cgagtccaac
   ttcag-gatg cactgctgga tgccggcgag -ccatgaagc acctggcaga ggtgaaggac
   tccctggaca tagaggtcaa gcataacttc attgaccccc tccagaacct atgtgagaaa
   gacctgaagg agatccagca ccacctgcag aagct-gagg -ccgccgcct ggactttgac
   taaaagaagc ggcagggcaa gatccccga- gaggagctgc -c-aggcgct ggagaagttt
   gagga-tcca aggaggt-gc agaaaccagc atgcacaacc tcctggagac cgacattgag
   cagatgagtc aactccgggc cctggcggag gcgcagctga acgaccactg gcaggccatg
   cagatcctgg acgagctgga agagaagctc aagcgcagga tgcgggaagc ttcctcacgc
   cccaagcggg agtataagcc caagttctgg gag--ctttg acctcgga-a gcctgagcag
   tccaac-ggg gcttcccctg caccacagtc cccaa-atcg cagcttc-tc c-ctttcc-a
   tctt-c-aca agtccatctg -actcctagc aggagcatgc cgcccctaga ccagcc-agc
   tgcaagg--c tgtatgactt --agcc-gag aa-cat-ggg agctgggctt ccatgagggc
   ga-gtcttca -gctgatcaa ccagatgaac gagaactgat acgagggcat gctggacggc
   cagtcgggct tcttcctgct cagctatgtg gacgtgctcg tgcctctgcc cagtgactta
   ggggggcccc cgccctgccc ctccatccac actgggtggc accccctgct gggtatcctg
   ccttccacgg ggcccctgct gccagggcag tgtccaagcc tgctggcgcc acccaggccg
   gggcccttga ggtactccct gagcagggct ccacacttgg gtggggggct tatctgggtg
   ggtggagatg catgtttaca ctagcggctg atccccaaca gtgacggctc ccttccccac
   tccatggcgc cggcctcctc cccgctcccc aactccttgc ccagctggct gaggcagagc
   aacactaagg tgctctcaga aacactaac

5. Engalçament de sequencies

Tots els llibre tractan aquest tema.

Sessió 5 de laboratori:

Connecteu-vos a alggen i esbrineu amb elS programES ESSEM i MALIG com s'acoblen aquestes seqüències:

1. >seq1 TTGATACAAATCGATAAATTAATAAGATAATAACTTTTTTGAAAATTTTATA TAAACGTATGGTCTCTTTAATATCATAAATTAATAATTGTATAAATACATCAACTATATATATAAA TATATATTATATGTAATAAACTTCAATGATATAGAATTCATTGGTTTTTTT
2. >seq2 TATATATTATATGTAATAAACTTCAATGATATAGAATTCATTGGTTTTTTTTTCTTCTTAAATTTG TATTAGTTCTTGTTTGAATTTAGCTCTATTATTCTTACTATATCAAAAAAATTTGGTATTGTTTTT AGACATAATTATTATTTTTACTTATAATTTGTTCTAAAAGT
3. >seq3 ATTTAGCTCTATTATTCTTACTATATCAAAAAAATTTGGTATTGTTTTT AGACATAATTATTATTTTTACTTATAATTTGTTCTAAAAGTATATTTTATATAATGAAAGAAATAT
4. >seq4 CGTATGGTCTCTTTAATATCATAAATTAATAATTGTATAAATACATCAACTATATATATAAA TATATATTATATGTAATAAACTTCAATGATATAGAATTCATTGGTTTTTTTTTCTTCTTAAATTTG

6. Cerca de Factors de Transcripcio

Sessió 6 de laboratori:

Connecteu-vos a alggen i executeu PROMO

1. >alpha_cardiac_actin_human_-360_to_-15 CTGCGGAGGACCGAATCCACAGACCATCCAGGGAGCACCCACACCCCAGAAAGGGGGAGGGGTGGGCTGGCGTCACTTAGTCTTCCCCTGCCCCCTACCCTTCAGCGCCTGCCCCTCCCCAGCTCCCTATTTGGCCATCCCCCTGACTGCCCCCTCCCCTTCCTTACATGGTCTGGGGGCTCCCTGGCTGATCCTCTCCCCTGCCCTTGGCTCCATGAATGGCCTCGGCAGTCCTAGCGGGTGCGAAGGGGACCAAATAAGGCAAGGTGGCAGACCGGGCCCCCCACCCCTGCCCCCGGCTGCTCCAACTGACCCTGTCCATCAGCGTTCTATAAAGCGGCCCTCCT
2. >alpha_cardiac_actin_mouse_-360_to_-12 TTGGAAGGGCTGAAGAGCAATAAGCCCACTCCACAACTAGGGAGCTCCCCCACCCAAGGGGCGCATTGGCATCACATAGCCTTTCCCCGTCCCCCACCCCTTGCTGGCCTGCCCCTCCCTAGCTCCCTATATGGCCATTGCTCTGACTGCCCCCTCCCCTTCCTTACATGGTCTGGGAGCCCCCTGGCTGATCCTCTACCCTGCCCTTGGCTCCAAGAATGGCCTCAGCGGTCCTAGATGGTGCTAAGGCGACCAAATAAGGCAAGGTGGCAGATCAGGGGCCCCCCACCCCTGCCCCCGGCTGCTCCAACTGACCCCGTCCATCAGAGAGCTATAAAGCTGCGCTCCA
3. >alpha_cardiac_actin_chicken_-335_to_-24 ACGCCCCGCGTGAAGGCCACCCGGGCCCGACATCTCGGGCAGCGCACCTGGCTTACACTTCCTCGAGGGACCATGAGGGCCACAGAAGAACTCCGAGCCTCCCCTCCCACCACGTCGGCGGAGGCTCCCTATTTGGCCATGTGGCGGCGGXXXXXXXXXXXXTCCGCACCTGCCTTAGATGGCCGGACAGCCGCGCCGCCTTGCGCCATTCATGGCCGCGCTGCGCCGCCATGGCGCCGAGCCGGCCAAATAAGAGAAGGTGGCTGCCCCGGCCCGCGGACCGCGGCCGCCGGGGGCTATAAAGCGGCAGCTTC
4. >alpha_cardiac_actin_frog_-355_to_-14 AGTCCCCCTGCACAATTGTGCTGCACCTGTCTACTCCATTTGCAGACCCCTGTGTCTGTGCAAACTATTTCTTTCATTGTGCTGTTTTTTTTGTCACCCAGCATTACAGACATGCTTTTTTGGGAATCCCTATTTGGCCATCCCTAGTAGTGCTCCCXXXXXXXXXXXXXXTTTCCATACATGGGCTAAGGGGTCCAAAGACCCTGCCCTCCCCCCTCACCTACTCCATTAATGGCTTCTTTGCTTTTCAATGGCCAGAAGCTACCAAATAAGGGCAGGCTGCCTGCCTTTCGGAGCTCCCACTGACTCCTCAACTCCAGGCAGCGTATAAATTGACAGCTCA

• [Lew98]: Genes VI

  de Benjamin Lewin (1200 pàg.). Oxford University Press, 1998. ISBN 0192690655

Per a qui vulgui aprofondir en els conceptes biològics que es tractan durant el curs.

• [SM97]: Introduction to Computational Molecular Biology

  de Joäo Setubal i Joäo Meidanis (280 pàg.). PWS Publishing Company, 1997. ISBN 0534952623

És un llibre molt recomanable per als informàtics que es vulguin introduir en la bioinformàtica. Cal tenir en compte que com es un llibre introductori fet l'any 97 no inclou temes que avui en dia estan molt d'actualitat.

• [AP99]: Introduction to Bioinformatics

  de Teresa K. Attwood i David J. Parry-Smith (210 pàg.). Addison Wesley Longman, 1999. ISBN 0582327881

És un llibre seriós de divulgació científica sobre un tema d'actualitat.

• [BO98] Bionformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins

  de Andreas D. Baxebanis i Francis Oullette (370 pàg.). John Wiley & Sons, 1998. ISBN 0471324418

És un llibre més complet que [SM97] pel que respecta als continguts de genètica molecular però menys complet quant a continguts algorísmics. El seu garn interé rau en les referencies actualitzades de Internet que ofereix per a cada tema que tracta.

• [Wa95] Introduction to Computational Biology

  de M.S. Waterman. Chapman & Hall, 1995.

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Ultima actualització 10 de setembre de 1997